================== 概要 ================== システム構成 ============ bionetliteとNeuliteは、BMTKのモジュラー設計を活用したシステムです。 全体像 ------ .. image:: ../_static/763493463-bmtk.png :width: 700px :align: center .. raw:: html
BMTKは以下の3つの主要コンポーネントに分かれています: * **Builder**: ネットワーク構築 * **Simulator**: シミュレーション実行 * **Analyzer**: 結果の解析 bionetliteはBuilderモジュールを拡張し、Neuliteは新しいSimulatorとして機能します。 詳細度に応じたインターフェース ============================== BMTKは、異なる詳細度のモデルに対応するため、複数のインターフェースを提供しています: * **bionet**: 生物物理学的ネットワーク(`NEURON `_) * **bionetlite**: 生物物理学的ネットワーク(Neulite) **← 本プロジェクト** * **pointnet**: ポイントニューロンネットワーク(NEST) * **filternet**: フィルターネットワーク(LGN Model) * **popnet**: ポピュレーション統計ネットワーク(DiPDE) bionetliteの位置づけ ====================== bionetliteは、bionetと同じく生物物理学的ネットワークを扱いますが、以下の点で異なります: * **ターゲットシミュレータ**: `NEURON `_ → Neulite * **出力形式**: `SONATA `_ 形式 + Neulite専用CSV形式 * **接続位置の決定**: シミュレータ実行時 → ネットワーク構築時 設計哲学 ======== ネットワーク構築とシミュレーションの分離 ---------------------------------------- BMTKの設計哲学に従い、bionetliteは以下の利点を持ちます: 1. **エラーハンドリングの向上**: ネットワーク構築時のエラーをシミュレーション前に検出 2. **再現性**: 同じネットワークファイルで何度でも同じシミュレーションを実行可能 3. **柔軟性**: ネットワークファイルを手動で編集・検証可能 軽量化の実現 ------------ Neuliteカーネルの軽量化という設計指針に従い、bionetliteは以下の処理を行います: * **前処理の集約**: 形態ファイル、イオンチャネル設定の前処理をビルド時に実行 * **シンプルなファイル形式**: CSV形式による読み書きのしやすさ * **明示的なデータ構造**: シミュレータ側での複雑な処理を不要に 次のステップ ============ * :doc:`design_and_implementation` - BMTKとBioNetの背景、bionetliteの設計と実装詳細