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概要
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システム構成
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bionetliteとNeuliteは、BMTKのモジュラー設計を活用したシステムです。
全体像
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BMTKは以下の3つの主要コンポーネントに分かれています:
* **Builder**: ネットワーク構築
* **Simulator**: シミュレーション実行
* **Analyzer**: 結果の解析
bionetliteはBuilderモジュールを拡張し、Neuliteは新しいSimulatorとして機能します。
詳細度に応じたインターフェース
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BMTKは、異なる詳細度のモデルに対応するため、複数のインターフェースを提供しています:
* **bionet**: 生物物理学的ネットワーク(`NEURON `_)
* **bionetlite**: 生物物理学的ネットワーク(Neulite) **← 本プロジェクト**
* **pointnet**: ポイントニューロンネットワーク(NEST)
* **filternet**: フィルターネットワーク(LGN Model)
* **popnet**: ポピュレーション統計ネットワーク(DiPDE)
bionetliteの位置づけ
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bionetliteは、bionetと同じく生物物理学的ネットワークを扱いますが、以下の点で異なります:
* **ターゲットシミュレータ**: `NEURON `_ → Neulite
* **出力形式**: `SONATA `_ 形式 + Neulite専用CSV形式
* **接続位置の決定**: シミュレータ実行時 → ネットワーク構築時
設計哲学
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ネットワーク構築とシミュレーションの分離
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BMTKの設計哲学に従い、bionetliteは以下の利点を持ちます:
1. **エラーハンドリングの向上**: ネットワーク構築時のエラーをシミュレーション前に検出
2. **再現性**: 同じネットワークファイルで何度でも同じシミュレーションを実行可能
3. **柔軟性**: ネットワークファイルを手動で編集・検証可能
軽量化の実現
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Neuliteカーネルの軽量化という設計指針に従い、bionetliteは以下の処理を行います:
* **前処理の集約**: 形態ファイル、イオンチャネル設定の前処理をビルド時に実行
* **シンプルなファイル形式**: CSV形式による読み書きのしやすさ
* **明示的なデータ構造**: シミュレータ側での複雑な処理を不要に
次のステップ
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* :doc:`design_and_implementation` - BMTKとBioNetの背景、bionetliteの設計と実装詳細