Neuliteカーネルのビルド

このページでは、シミュレーション実行用のCプログラムである Neuliteカーネル のビルド手順を説明します。

前提条件

以下のソフトウェアが必要です：

  • C17対応のCコンパイラ（gcc 7.0以上推奨）

  • make

ビルド手順

ステップ1: neuliteリポジトリのクローン

注釈

bionetliteセットアップ時に既にクローン済みの場合は、このステップをスキップしてください。

neuliteリポジトリをクローンします：

git clone https://github.com/neulite/neulite.git

ステップ2: カーネルディレクトリへ移動

デフォルトカーネル（double exponential）のディレクトリに移動します：

cd neulite/kernel

ステップ3: ビルド

Makefileを使用してビルドします：

# Build
make

これにより、実行ファイル nl が生成されます。

ステップ4: 実行

ビルドされた nl を実行します。引数としてBionetliteが生成したポピュレーションファイル（例：<network_name>_population.csv ）シナプス接続ファイル（ 例：<src>_<trg>_connection.csv ）を指定します：

# Run Neulite kernel
./nl <network_name>_population.csv <src>_<trg>_connection.csv

MPI並列実行する場合：

# MPI parallel execution
mpirun -np 4 ./nl <network_name>_population.csv <src>_<trg>_connection.csv

ビルドの確認

Neuliteカーネルが正しくビルドされたことを確認します：

# Verify executable exists
ls -l nl

# Confirm file is executable
file nl

トラブルシューティング

コンパイルエラー

問題: implicit declaration of function

解決策: C17対応のコンパイラを使用してください

# Check gcc version
gcc --version

# gcc 7.0+ required. Update if older
sudo apt-get install gcc-9

実行ファイルが見つからない

問題: ./nl: No such file or directory

解決策: ビルドディレクトリで実行していることを確認してください

# Move to build directory
cd /path/to/neulite_kernel-X.Y.Z

# Verify file exists
ls -l nl

次のステップ

Neuliteカーネルのビルドが完了したら、以下のチュートリアルに進んでください：