並列実行

並列実行について

大規模なネットワークの構築は、それだけで計算量と時間がかかる操作です。BMTKがそうであるように、bionetliteも並列実行に対応しています。

基本的な使い方

bionetliteをインポートしたネットワーク構築コードを、mpirunなどのコマンドで実行するだけで自動的に並列実行が行われます。

# Run in parallel with 4 processes
mpirun -n 4 python build_network.py

# Run in parallel with 16 processes
mpirun -n 16 python build_network.py

コードの変更は不要

並列実行のために特別なコードの変更は必要ありません。bionetと全く同じように、単にmpirunで実行するだけです：

# build_network.py
from bionetlite import NeuliteBuilder as NetworkBuilder

# Normal code
net = NetworkBuilder('v1')
net.add_nodes(...)
net.add_edges(...)
net.build()
net.save_nodes(output_dir='network')
net.save_edges(output_dir='network')

このファイルをmpirunで実行：

mpirun -n 8 python build_network.py

並列実行のしくみ

bionetliteは、bionetの並列実行機構をそのまま利用しています：

  1. 各MPIプロセスがネットワークの一部を担当

  2. ノードとエッジの生成が分散処理される

  3. 最終的に結果が統合されてファイルに出力される

次のステップ