Neulite
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English
日本語
はじめに
概要
このドキュメントについて
システム構成
Bionetliteとは
Neuliteカーネルとは
使用の流れ
次のステップ
Bionetliteとは
概要
特徴
既存コードの再利用
技術的詳細
主な処理
出力ファイルの比較
使用例
データ標準化の自動サポート
関連リンク
Neuliteカーネルとは
概要
特徴
軽量設計
高い可搬性
技術的詳細
設計思想
対象ニューロンモデル
使用環境
推奨環境
富岳での実績
関連リンク
Getting Started
bionetliteのセットアップ
前提条件
セットアップ手順
ステップ1: 仮想環境の作成（推奨）
ステップ2: BMTKとNEURONのインストール
ステップ3: 必要なパッケージのインストール
ステップ4: neuliteリポジトリのクローン
ステップ5: bionetliteの配置
ステップ6: 動作確認
基本的な使い方
importの変更
ネットワークの構築
出力ファイルの確認
オプション設定
依存パッケージの詳細
bionetliteの主要な依存パッケージ
次のステップ
参考資料
Neuliteカーネルのビルド
前提条件
ビルド手順
ステップ1: neuliteリポジトリのクローン
ステップ2: カーネルディレクトリへ移動
ステップ3: ビルド
ステップ4: 実行
ビルドの確認
トラブルシューティング
コンパイルエラー
実行ファイルが見つからない
次のステップ
チュートリアル
Tutorial 1: 単一細胞の定常電流入力
概要
bionetからbionetliteへの変更
コード例
生成されるファイル
<network_name>_population.csv
<src>_<trg>_connection.csv
処理済みswcファイル
Neuliteが生成するファイル
mcortex_population.csv
mcortex_mcortex_connection.csv
kernel/config.h
Neuliteカーネルのビルドと実行
ステップ1: カーネルソースの展開
ステップ2: カーネルのビルド
ステップ3: バイナリの配置
ステップ4: シミュレーションの実行
シミュレーション結果ファイル
BMTKとの実行結果の比較
次のステップ
Tutorial 2: スパイク入力シミュレーション
概要
BMTKからbionetliteへの変更
コード例
生成されるファイル
mcortex_population.csv
制限事項
次のステップ
Tutorial 3: 単一ポピュレーションネットワーク
概要
BMTKからbionetliteへの変更
生成されるファイル
mcortex_population.csv
mcortex_mcortex_connection.csv
仕様
次のステップ
Tutorial 4: 複数のポピュレーションからなるネットワーク
概要
bionetからbionetliteへの変更
生成されるファイル
population.csv
connection.csv
Neuliteが生成するファイル
V1_population.csv
V1_V1_connection.csv
Neuliteカーネルのビルドと実行
ステップ1: カーネルソースの展開
ステップ2: カーネルのビルド
ステップ3: バイナリの配置
ステップ4: シミュレーションの実行
シミュレーション結果ファイル
LIFモデルとの混在について
次のステップ
ユーザーガイド
基本的な使い方
bionetliteを使用したネットワーク構築
NeuliteBuilderの初期化
パラメータの説明
ノードの追加
サポートされているモデルタイプ
エッジ（シナプス接続）の追加
基本的な接続の定義
サポートされているシナプスモデル
ネットワークの保存
実行の流れ
制限事項
次のステップ
設定
概要
設定ファイルの役割
config.jsonの構造
基本的な実行設定
入力設定（電流注入）
コンポーネント設定
config.hの自動生成
bionetliteの使用方法
生成されるconfig.h
出力場所
高度な使用方法
simulation_configパラメータの使用
config.h生成の無効化
既存のBMTK configとの互換性
次のステップ
並列実行
並列実行について
基本的な使い方
コードの変更は不要
並列実行のしくみ
次のステップ
アーキテクチャ
概要
システム構成
全体像
詳細度に応じたインターフェース
bionetliteの位置づけ
設計哲学
ネットワーク構築とシミュレーションの分離
軽量化の実現
次のステップ
設計と実装
BMTKについて
モジュラー設計
データ標準化
BioNetについて
BioNet Builder
BioNet Simulator
bionetliteの設計
NetworkBuilderのオーバーライド
処理フロー
並列実行のサポート
次のステップ
APIリファレンス
APIリファレンス
概要
NeuliteBuilderクラス
初期化
主要メソッド
add_nodes()
add_edges()
build()
save_nodes()
save_edges()
設定メソッド
set_config_path()
set_dir()
基本的な使用例
並列実行
次のステップ
ファイル形式
概要
SONATA形式ファイル
Neulite形式ファイル
<network_name>_population.csv
ヘッダー
カラム
例
<src>_<trg>_connection.csv
ヘッダー
カラム
例
swcファイル（処理済み）
処理内容
形式
イオンチャネル設定CSV
ヘッダー
行の意味
主要パラメータ
config.h
生成されるマクロ
パラメータ
ディレクトリ構造
次のステップ
単位系リファレンス
ユーザーが指定する単位（BMTK/bionetlite）
シミュレーションパラメータ
電流注入パラメータ
シナプスパラメータ
形態・イオンチャネルファイル
内部処理での単位変換
単位系一覧
その他のパラメータ
BMTK → NEURON での変換
開発者向け情報
変換処理の実装箇所
参考リンク
高度なトピック
Allen V1 Model: 大規模ネットワーク
概要
モデルの概要
モデルの出典
bionetliteでの対応範囲
コード例
既存のBMTKコードの変更
並列実行
生成されるファイル
結果の確認
次のステップ
関連リンク
仕様と制限事項
サポートされている機能
ニューロンモデル
シナプスモデル
入力方式
形態モデル
Perisomatic Modelとは
制限事項の詳細
1. ニューロンモデルの制限
bionetでは可能だが、bionetliteで未対応のこと
2. 入力方式の制限
3. シナプスモデルの制限
4. シナプス接続位置の制限
5. データ型の制限
6. Perisomatic modelの注意点
対応状況のまとめ
今後の発展
次のステップ
その他
よくある質問（FAQ）
一般的な質問
bionetliteとは何ですか？
なぜbionetliteが必要なのですか？
bionetとbionetliteの違いは何ですか？
インストールと環境
必要なPythonバージョンは？
どのOSで動作しますか？
スーパーコンピュータで実行できますか？
使用方法
既存のbionetコードをbionetliteに変換するには？
Point neuronやVirtual neuronは使えますか？
なぜexp2syn以外のシナプスモデルは使えないのですか？
スパイク入力は使えますか？
並列実行
並列実行の方法は？
トラブルシューティング
"Module not found" エラーが出ます
接続位置がbionetと異なります
delay値が整数しか受け付けられません
関連リソース
Publication
主要論文
論文の概要
主な成果
技術的貢献
How to Cite
BibTeX
論文情報
変更履歴
バージョン 1.0
更新内容
主な成果
対応環境
既知の制限
今後の予定
Neulite
索引
索引